扣除部分货款怎么做账?

1、对方可作为退货处理，到主管税务机关申请开具红字专票的申请单(根据国税发【2006】156号文件，对于 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，销货方根据该《通知单》开具红字专用发票);

2、如该产品仍可使用(经双方判定不影响实际效用，只是部分的可接受的问题存在)，那么，可尝试与购货方协商，该部分产品作折价处理。具体操作，可参照第一点，不过是以折扣折让发生进行申请。

如果和对方有清账协议，可以直接转入营业外收入。

如果对方按放弃货款额开负数发票冲红，入账减少成本。